V tom případě to nevyřešíš jinak než přeinstalací nebo ručním zásahem.
Pokud nemáš hodně dobré znalosti zaváděcího mechanizmu Windows, nepouštěj se do ručního postupu - skončíš s nefungujícím systémem.
V BIOSu musíš nastavit jiný disk z kterého budeš bootovat (pokud máš UEFI nebude to triviální) a musíš vytvořit na disku chybějící oddíl (Rezervováno systémem) a nakopírovat chybějící bootovací soubory.

Nastavení bootovacích voleb pak jde provést command line příkazem bcdedit.
https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc709667%28v=ws.10%29.aspx?f=255&MSPPError=-2147217396
Microsoft Windows [Version 6.3.9600]
(c) 2013 Microsoft Corporation. Všechna práva vyhrazena.
C:\Windows\system32>bcdedit
Windows Boot Manager
identifier {bootmgr}
device partition=\Device\HarddiskVolume1
description Windows Boot Manager
locale cs-CZ
inherit {globalsettings}
integrityservices Enable
default {current}
resumeobject {3d9b63f6-42fa-11e3-a54e-8807366261ea}
displayorder {current}
toolsdisplayorder {memdiag}
timeout 3
Windows Boot Loader
identifier {current}
device partition=C:
path \Windows\system32\winload.exe
description Windows 8.1
locale cs-CZ
inherit {bootloadersettings}
recoverysequence {3d9b63fc-42fa-11e3-a54e-8807366261ea}
integrityservices Enable
recoveryenabled Yes
allowedinmemorysettings 0x15000075
osdevice partition=C:
systemroot \Windows
resumeobject {3d9b63f6-42fa-11e3-a54e-8807366261ea}
nx OptIn
bootmenupolicy Standard
hypervisorlaunchtype Off
C:\Windows\system32>