Pokud máš instalační médium, nabootuj z něj a smaž při čisté instlaci všechny oddíly.
Příjdeš tím logicky o všechny soubory co na disku máš. Máš zálohy?
Pak spusť instalaci do nepřiděleného místa na disku. Průvodce si všechny potřebné oddíly vytvoří sám.
--
Pokud je ale jediný problém s chybějícím souborem bootmgr, stačí opravit bootovací soubory Windows.
Pokud spustíš konzoli pro zotavení, můžeš v ní zadat příkazy fixboot a fixmbr.
http://www.tipypropc.cz/konzola-pro-zotaveni-a-prikazy-fixmbr-a-fixboot/