MSERT (Microsoft Safety Scanner) fungerer på en anden måde end anden antivirussoftware.
Under scanningen vises filer, der kan være inficeret med malware, og ved scanningens afslutning testes disse filer mod malwaredatabasen. Hvis det ved scanningens afslutning indikerer, at der ikke blev fundet malware, er din pc fri for malware, og der er ikke fundet noget problem med dit system.