Hallo Christian,
Für .Net Framework 4.6.1 konntest Du das SharePointPnPCoreOnline Nuget-Paket verwenden, um SharePoint-Benutzer Deines C#-Programms zu authentifizieren, wie hier beschrieben:
C# Programmatically Authenticate SharePoint Online account enabled with MFA.
Das oben genannte Paket wird durch die PnP.Framework-Bibliothek für .Net Framework 6.0 ersetzt. Die AuthenticationManager-Klasse des PnP.Framework-Pakets befindet sich in GitHub. Wahrscheinlich musst Du eine neue Instanz der Authentication Manager-Klasse erstellen, um Zugriffstoken und Clientkontexte mithilfe des Azure AD Interactive-Flows abzurufen.
Gruß,
Ivan Dragov