Ich habe genau dasselbe Problem, bei aktiver Synchronisierung ist One Note für Windows 10 überhaupt nicht verwendbar, aber selbst im Offlinemodus ist es einfach nur anstrengend seit den letzten Tagen. Z.B wähle ich den Radiergummi aus zum radieren, er wird als ausgewählt angezeigt und trotzdem wird der Stift weiter verwendet, bis dann irgendwann doch radiert wird. Gleiches passiert wenn man den Stift wechselt.
Das Problem ist notizbuchübergreifend vorhanden und zu groß ist mein aktuelles Notizbuch sicherlich auch nicht, da ich schon größere von früher habe bei denen es solche Problem nie gab.