Danke G.O., ich habe nun herausgefunden, wo das Problem liegt. Die Endnotenverknüpfungen werden im PDF fehlgeleitet, weil es in der Worddatei einen Abschnittswechsel gibt und ich nach den Endnoten noch ein Impressum einfügt habe.
Ich habe es erstmal etwas umständlich gelöst und aus mehreren PDFs ein PDF aus mehreren PDF erstellt.