Trial Matcher-Patienteninformationen

Artikel
05/10/2024

Trial Matcher verwendet Patienteninformationen, um den entsprechenden Patientinnen und Patienten mit einem Abschnitt über die Eignung für eine klinische Studie abzugleichen. Der Trial Matcher prüft die Eignung der Patientinnen und Patienten für jede relevante klinische Studie. Sie können die Informationen auf vier verschiedene Arten bereitstellen:

Unstrukturierte klinische Notizen
FHIR-Pakete
Gradueller Abgleich (Frage und Antwort)
JSON-Schlüssel/-Wert

Hinweis

Die Beispiele in diesem Artikel basieren auf der API-Version: 2023-03-01-preview. Zwischen den einzelnen API-Versionen kann es zu Änderungen kommen. Für eine bestimmte API-Version verwenden Sie bitte den Verweis auf die REST-API, um die vollständige Beschreibung zu sehen.

Unstrukturierte klinische Notiz

Patientendaten können Trial Matcher als unstrukturierte klinische Notiz zur Verfügung gestellt werden. Trial Matcher führt einen vorherigen Schritt des Sprachverstehens aus, um den unstrukturierten Text zu analysieren, ruft die klinischen Patienteninformationen ab und integriert die Patientendaten in strukturierte Daten.

Verwenden Sie beim Bereitstellen von Patientendaten in klinischen Notizen den Wert note für Patient.PatientDocument.type. Trial Matcher unterstützt derzeit nur eine klinische Notiz pro Patient.

Das folgende Beispiel zeigt, wie Patienteninformationen als unstrukturierte klinische Notiz bereitgestellt werden:

{
   "configuration":{
      "clinicalTrials":{
         "registryFilters":[
            {
               "conditions":[
                  "Cancer"
               ],
               "sources":[
                  "clinicaltrials.gov"
               ],
               "facilityLocations":[
                  {
                     "state":"IL",
                     "country":"United States"
                  }
               ]
            }
         ]
      },
      "verbose":true,
      "includeEvidence":true
   },
   "patients":[
      {
         "id":"patient_1",
         "info":{
            "gender":"Male",
            "birthDate":"2000-03-17",
            "clinicalInfo":[
               {
                  "system":"http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
                  "code":"C0006826",
                  "name":"MalignantNeoplasms",
                  "value":"true"
               }
            ]
         },
         "data":[
            {
               "type":"Note",
               "clinicalType":"Consultation",
               "id":"12-consult_15",
               "content":{
                  "sourceType":"Inline",
                  "value":"TITLE:  Cardiology Consult\r\n                       DIVISION OF CARDIOLOGY\r\n                   COMPREHENSIVE CONSULTATION NOTE\r\nCHIEF COMPLAINT: Patient is seen in consultation today at the\r\nrequest of Dr. [**Last Name (STitle) 13959**]. We are asked to give consultative advice\r\nregarding evaluation and management of Acute CHF.\r\nHISTORY OF PRESENT ILLNESS:\r\n71 year old man with CAD w\/ diastolic dysfunction, CKD, Renal\r\nCell CA s\/p left nephrectomy, CLL, known lung masses and recent\r\nbrochial artery bleed, s\/p embolization of LLL bronchial artery\r\n[**1-17**], readmitted with hemoptysis on [**2120-2-3**] from [**Hospital 328**] [**Hospital 9250**]\r\ntransferred from BMT floor  following second episode of hypoxic\r\nrespiratory failure, HTN and tachycardia in 3 days. Per report,\r\non the evening of transfer to the [**Hospital Unit Name 1**], patient continued to\r\nremain tachypnic in upper 30s and was receiving IVF NS at\r\n100cc\/hr for concern of hypovolemic hypernatremia. He also had\r\nreceived 1unit PRBCs with temp rise for 98.3 to 100.4, he was\r\ncultured at that time, and transfusion rxn work up was initiated.\r\nAt around 5:30am, he was found to be newly hypertensive with SBP\r\n>200 with a regular tachycardia to 160 with new hypoxia requiring\r\nshovel mask. He received 1mg IV ativan, 1mg morphine, lasix 40mg\r\nIV x1, and lopressor 5mg IV. ABG 7.20\/63\/61 on shovel mask. "
               }
            }
         ]
      }
   ]
}

FHIR-Pakete

Patientendaten können Trial Matcher als FHIR-Paket zur Verfügung gestellt werden. Patientendaten im FHIR-Paketformat können entweder von einem FHIR-Server oder von einem EMR/EHR-System abgerufen werden, das eine FHIR-Schnittstelle bereitstellt.

Trial Matcher unterstützt USCore-Profile und mCode-Profile.

Verwenden Sie beim Bereitstellen von Patientendaten als FHIR-Paket den Wert fhirBundle für Patient.PatientDocument.type. Der Wert von fhirBundle sollte als Verweis mit dem Inhalt angegeben werden, einschließlich des Verweis-URI.

Das folgende Beispiel zeigt, wie Patienteninformationen als FHIR-Paket bereitgestellt werden:

{
  "configuration": {
    "clinicalTrials": {
      "registryFilters": [
        {
          "conditions": [
            "Cancer"
          ],
          "phases": [
            "phase1"
          ],
          "sources": [
            "clinicaltrials.gov"
          ],
          "facilityLocations": [
            {
              "state": "CA",
              "country": "United States"
            }
          ]
        }
      ]
    },
    "verbose": true,
    "includeEvidence": true
  },
  "patients": [
    {
      "id": "patient_1",
      "info": {
        "gender": "Female",
        "birthDate": "2000-03-17"
      },
      "data": [
        {
          "type": "FhirBundle",
          "clinicalType": "Consultation",
          "id": "Consultation-14-Demo",
          "content": {
            "sourceType": "Inline",
            "value": "{\"resourceType\":\"Bundle\",\"id\":\"1ca45d61-eb04-4c7d-9784-05e31e03e3c6\",\"meta\":{\"profile\":[\"http://hl7.org/fhir/4.0.1/StructureDefinition/Bundle\"]},\"identifier\":{\"system\":\"urn:ietf:rfc:3986\",\"value\":\"urn:uuid:1ca45d61-eb04-4c7d-9784-05e31e03e3c6\"},\"type\":\"document\",\"entry\":[{\"fullUrl\":\"Composition/baff5da4-0b29-4a57-906d-0e23d6d49eea\",\"resource\":{\"resourceType\":\"Composition\",\"id\":\"baff5da4-0b29-4a57-906d-0e23d6d49eea\",\"status\":\"final\",\"type\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"11488-4\",\"display\":\"Consult note\"}],\"text\":\"Consult note\"},\"subject\":{\"reference\":\"Patient/894a042e-625c-48b3-a710-759e09454897\",\"type\":\"Patient\"},\"encounter\":{\"reference\":\"Encounter/d6535404-17da-4282-82c2-2eb7b9b86a47\",\"type\":\"Encounter\",\"display\":\"unknown\"},\"date\":\"2022-08-16\",\"author\":[{\"reference\":\"Practitioner/082e9fc4-7483-4ef8-b83d-ea0733859cdc\",\"type\":\"Practitioner\",\"display\":\"Unknown\"}],\"title\":\"Consult note\",\"section\":[{\"title\":\"Chief Complaint\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"46239-0\",\"display\":\"Reason for visit and chief complaint\"}],\"text\":\"Chief Complaint\"},\"text\":{\"div\":\"<div>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<h1>Chief Complaint</h1>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<p>\\\"swelling of tongue and difficulty breathing and swallowing\\\"</p>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t</div>\"},\"entry\":[{\"reference\":\"List/a7ba1fc8-7544-4f1a-ac4e-c0430159001f\",\"type\":\"List\",\"display\":\"Chief Complaint\"}]},{\"title\":\"History of Present Illness\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"10164-2\",\"display\":\"History of present illness\"}],\"text\":\"History of Present Illness\"},\"text\":{\"div\":\"<div>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<h1>History of Present Illness</h1>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<p>77 y o woman in NAD with a h/o CAD, DM2, asthma and HTN on altace for 8 years awoke from sleep around 2:30 am this morning of a sore throat and swelling of tongue. She came immediately to the ED b/c she was having difficulty swallowing and some trouble breathing due to obstruction caused by the swelling. She has never had a similar reaction ever before and she did not have any associated SOB, chest pain, itching, or nausea. She has not noticed any rashes, and has been afebrile. She says that she feels like it is swollen down in her esophagus as well. In the ED she was given 25mg benadryl IV, 125 mg solumedrol IV and pepcid 20 mg IV. This has helped the swelling some but her throat still hurts and it hurts to swallow. Nothing else was able to relieve the pain and nothing make it worse though she has not tried to drink any fluids because of trouble swallowing. She denies any recent travel, recent exposure to unusual plants or animals or other allergens. She has not started any new medications, has not used any new lotions or perfumes and has not eaten any unusual foods. Patient has not taken any of her oral medications today.</p>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t</div>\"},\"entry\":[{\"reference\":\"List/c1c10373-6325-4339-b962-c3c114969ccd\",\"type\":\"List\",\"display\":\"History of Present Illness\"}]},{\"title\":\"Surgical History\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"10164-2\",\"display\":\"History of present illness\"}],\"text\":\"Surgical History\"},\"text\":{\"div\":\"<div>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<h1>Surgical History</h1>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t\\t\\t<p>s/p Cardiac stent in 1999 \\r\\ns/p hystarectomy in 1970s \\r\\ns/p kidney stone retrieval 1960s</p>\\r\\n\\t\\t\\t\\t\\t</div>\"},\"entry\":[{\"reference\":\"List/1d5dcbe4-7206-4a27-b3a8-52e4d30dacfe\",\"type\":\"List\",\"display\":\"Surgical History\"}]},{\"title\":\"Medical History\",\"code\":{\"coding\":[{\"system\":\"http://loinc.org\",\"code\":\"11348-0\",\"display\":\"Past medical 
            ...."
          }
        }
      ]
    }
  ]
}

Schrittweiser Abgleich

Trial Matcher kann auch mit graduellem Abgleich verwendet werden. In diesem Modus können Sie schrittweise über Konversationsintelligenz oder chatähnliche Szenarien Anforderungen an den Trial Matcher senden.

Der graduelle Abgleich verwendet Patienteninformationen für den Abgleich, einschließlich demografischer Daten (Geschlecht und Geburtsdatum) und strukturierter klinischer Informationen. Beim Senden klinischer Informationen über den graduellen Abgleich werden klinische Informationen als clinicalCodedElements-Liste gesendet. Jede wird in einem klinischen Codierungssystem als Code ausgedrückt, der um semantische Informationen und Werte erweitert wird.

Differenzierende Konzepte

Andere klinische Informationen werden von den Eignungskriterien abgeleitet, die in der Teilmenge der Studien innerhalb der Abfrage gefunden werden. Das Modell wählt bis zu drei Konzepte aus, die sich am stärksten voneinander unterscheiden, d. h. das hilft am meisten bei der Qualifizierung des Patienten. Das Modell gibt nur Konzepte an, die in Studien vorkommen, und schlägt nicht vor, Informationen zu sammeln, die nicht erforderlich sind und bei der Qualifizierung nicht helfen.

Wenn Sie potenziell berechtigte Patientinnen und Patienten mit einer klinischen Studie abgleichen, sollte dasselbe Konzept der erforderlichen klinischen Informationen bereitgestellt werden. In diesem Fall werden die sich am stärksten unterscheidenden Konzepte für die bereitgestellte klinische Studie ausgewählt. Falls mehr als eine Studie bereitgestellt wurde, werden drei Konzepte für alle bereitgestellten klinischen Studien ausgewählt.

Es wird erwartet, dass Kunden die bereitgestellte Datei UMLSConceptsMapping.json verwenden, um jedes ausgewählte Konzept dem erwarteten Antworttyp zuzuordnen. Kunden können auch den vorgeschlagenen Fragetext verwenden, um Fragen an Benutzer zu generieren. Die Kundin bzw. der Kunde kann den Fragetext auch bearbeiten oder lokalisieren.
Wenn Sie Patienteninformationen zurück an Trial Matcher senden, können Sie auch einen null-Wert an ein beliebiges Konzept senden. Durch Senden eines null-Werts wird Trial Matcher angewiesen, dieses Konzept zu überspringen, es in der Patientenqualifizierung zu ignorieren und stattdessen das nächste differenzierende Konzept in der Antwort zu senden.

Wichtig

In der Regel enthält die erste Anforderung an Trial Matcher eine registryFilters-Liste basierend auf der Kundenkonfiguration und den Benutzerantworten (z. B. Zustand und Standort). Die Antwort auf die erste Anforderung enthält eine Liste der Studien-ids. Um die Leistung zu verbessern und die Latenz zu verringern, sollten die Studien-ids direkt in aufeinanderfolgenden Anforderungen (unter Verwendung der registryFilter-ids) anstelle der ursprünglichen registryFilters verwendet werden.

Kategoriekonzepte

Es gibt fünf verschiedene Kategorien, die als Konzepte verwendet werden:

UMLS-Konzept-ID, die ein einzelnes Konzept darstellt
UMLS-Konzept-ID, die mehrere verwandte Konzepte darstellt
Textkonzepte
Entitätstypen
Semantische Typen

1. UMLS-Konzept-ID, die ein einzelnes Konzept darstellt

Jedes Konzept in dieser Kategorie wird durch eine eindeutige UMLS-ID dargestellt. Die erwarteten Antworttypen können boolesch, numerisch oder aus einer definierten Choice-Gruppe sein.

Beispielkonzept aus der API-Antwort „neededClinicalInfo“:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C1512162",
    "name": "Eastern Cooperative Oncology Group"
}

Beispielzuordnung für das obige Konzept von UMLSConceptsMapping.json:

"C1512162": {
    "codes": "C1512162;C1520224",
    "name": "ECOG",
    "choices": [ "0", "1", "2", "3", "4" ],
    "question": "What is the patient's ECOG score?",
    "answerType": "Choice"
}

Beispielwert, der an Trial Matcher für die obige Kategorie gesendet wurde:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C1512162",
    "name": "Eastern Cooperative Oncology Group",
    "value": "2"
}

Bestimmte UMLS-Konzept-IDs können mehrere verwandte Konzepte darstellen, die dem Benutzer in der Regel als Multiple-Choice-Frage angezeigt werden, z. B. Konzepte im Zusammenhang mit psychischer Gesundheit oder TNM-Staging. In dieser Kategorie wird erwartet, dass Antworten mehrere Codes und Werte enthalten, einen für jedes Konzept, das Teil der zugehörigen Konzepte ist.

Beispielkonzept aus der API-Antwort „neededClinicalInfo“:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": " C0475284",
    "name": "TNM tumor staging system "
}

Beispielzuordnung für das obige Konzept von UMLSConceptsMapping.json:

"C0475284": {
    "codes": "C0475284",
    "name": "TNM tumor staging system",
    "question": "If the patient was diagnosed with cancer, what is the patient's TNM stage?",
    "answerType": "MultiChoice",
    "multiChoice": {
        "C0475455": {
            "codes": "C0475455",
            "name": "T (Tumor)",
            "answerType": "Choice",
            "choices": [ "x", "0", "is", "1", "1a", "1b", "1c", "2", "2a", "2b", "2c", "3", "3a", "3b", "3c", "4", "4a", "4b", "4c" ]
        },
        "C0456532": {
            "codes": "C0456532",
            "name": "N (Lymph nodes)",
            "answerType": "Choice",
            "choices": [ "x", "0", "1", "1a", "1b", "1c", "2", "2a", "2b", "2c", "3", "3a", "3b", "3c" ]
        },
        "C0456533": {
            "codes": "C0456533",
            "name": "M (Metastases)",
            "answerType": "Choice",
            "choices": [ "x", "0", "1", "1a", "1b", "1c" ]
        }
    }
}

Beispielwerte, die an Trial Matcher für die obige Kategorie gesendet wurden:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0475455",
    "name": "T (Tumor)",
    "value": "1a"
},
{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0456532",
    "name": "N (Lymph nodes)",
    "value": "1a"
},
{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0456533",
    "name": "M (Metastases)",
    "value": "1"
}

3. Textkonzepte

Textkonzepte sind Konzepte, bei denen der Code eine Zeichenfolge anstelle eines UMLS-Codes ist. Die Textkonzepte werden in der Regel verwendet, um die Morphologie von Krankheiten und Verhaltensmerkmale zu identifizieren.

Beispielkonzept aus der API-Antwort „neededClinicalInfo“:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "NONINVASIVE",
    "name": "noninvasive;non invasive"
}

Beispielzuordnung für das obige Konzept von UMLSConceptsMapping.json:

"NONINVASIVE": {
    "codes": "noninvasive",
    "name": "noninvasive;non invasive",
    "question": "Was the patient diagnosed with a %p1% disease?",
    "answerType": "Boolean"
}

Beispielwert, der an Trial Matcher für das obige Konzept gesendet wurde:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "NONINVASIVE",
    "name": "noninvasive;non invasive",
    "value": "true"
}

4. Entitätstypen

Konzepte von Entitätstypen sind Konzepte, die nach gängigen Entitätstypen gruppiert werden, z. B. Medikamente, Genom- und Biomarkerinformationen.

Wenn Kundinnen und Kunden Konzepte von Entitätstypen als Teil der klinischen Informationen der Patientin bzw. des Patienten an Trial Matcher gesendet werden, sollten sie die Zeichenfolge der Entitätstypen mit dem Wert verketten, der durch ein Semikolon getrennt ist.

Beispielkonzept aus der API-Antwort „neededClinicalInfo“:

{
    "category": "GENEORPROTEIN-VARIANT",
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": " C1414313",
    "name": " EGFR gene ",
    "value": "EntityType:GENEORPROTEIN-VARIANT"
}

Beispielzuordnung für die obige Kategorie von UMLSConceptsMapping.json:

"GENEORPROTEIN-VARIANT": {
    "codes": "GeneOrProtein-Variant;GeneOrProtein-MutationType",
    "question": "Does the patient carry %p1% mutation/abnormality?",
    "name": "GeneOrProtein-Variant",
    "answerType": "Boolean"
}

Beispielwert, der an Trial Matcher für die obige Kategorie gesendet wurde:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": " C1414313",
    "name": "EGFR gene",
    "value": "true;GENEORPROTEIN-VARIANT"
}

5. Semantische Typen

Konzepte semantischer Typen sind eine weitere Kategorie von Konzepten, die nach dem semantischen Typ von Entitäten zusammen gruppiert werden. Wenn Kundinnen und Kunden Konzepte semantischer Typen als Teil der klinischen Informationen der Patientin bzw. des Patienten an Trial Matcher gesendet werden, ist es nicht erforderlich, die Entität oder den semantischen Typ der Entität mit dem Wert zu verketten.

Beispielkonzept aus der API-Antwort „neededClinicalInfo“:

{
    "category": "DIAGNOSIS",
    "semanticType": "T047",
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0014130",
    "name": "Endocrine System Diseases",
    "value": "EntityType:DIAGNOSIS"
}

Beispielzuordnung für die obige Kategorie von UMLSConceptsMapping.json:

"DIAGNOSIS,T047": {
    "name": "Diagnosis X Disease or Syndrome",
    "question": "Was the patient diagnosed with %p1%?",
    "answerType": "Boolean"
}

Beispielwert, der an Trial Matcher für die obige Kategorie gesendet wurde:

{
    "system": "http://www.nlm.nih.gov/research/umls",
    "code": "C0014130",
    "name": "Endocrine System Diseases",
    "value": "false"
}

Nächste Schritte

So beginnen Sie mit der Verwendung des Trial Matcher-Modells:

Beginnen Sie mit der Verwendung des Trial Matcher-Modells

Freigeben über

Trial Matcher-Patienteninformationen

Unstrukturierte klinische Notiz

FHIR-Pakete

Schrittweiser Abgleich

Differenzierende Konzepte

Kategoriekonzepte

1. UMLS-Konzept-ID, die ein einzelnes Konzept darstellt

3. Textkonzepte

4. Entitätstypen

5. Semantische Typen

Nächste Schritte

Feedback

Zusätzliche Ressourcen

Freigeben über

Trial Matcher-Patienteninformationen

Unstrukturierte klinische Notiz

FHIR-Pakete

Schrittweiser Abgleich

Differenzierende Konzepte

Kategoriekonzepte

1. UMLS-Konzept-ID, die ein einzelnes Konzept darstellt

2. UMLS-Konzept-ID, die mehrere verwandte Konzepte darstellt

3. Textkonzepte

4. Entitätstypen

5. Semantische Typen

Nächste Schritte

Feedback

Zusätzliche Ressourcen