De acuerdo, acabo de encontrar la solución y sin tener que crear nuevo usuario :D
- Pulsar las teclas Windows+R
- En la casilla Abrir escribir regedit y pulsar Intro. Se abrirá el editor del registro.
- Localizar la siguiente clave:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders.
Ahí la ruta del archivo Startup dirigía a un archivo temporal que seguramente había eliminado.
He creado la carpeta Inicio en la ruta "C:\Usuarios{user}\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs"
He cambiado la ruta del archivo Startup a la de "*%USERPROFILE%/AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs*Inicio".
Y ya funciona.
Muchas gracias a los que intentaron ayudar.
Espero sirva si alguien mas tiene este problema ;)