Hola Luis. Sí, el mensaje significa que las contraseñas guardadas en Microsoft Authenticator ya no se autocompletarán en ningún navegador, ni siquiera en Edge usando la app. Microsoft desactivó la función de autocompletar en Authenticator.
Si quieres seguir usando autocompletar, tendrás que exportar tus contraseñas desde Authenticator y luego importarlas en Microsoft Edge, que ahora usa su propio gestor de contraseñas vinculado a tu cuenta Microsoft.