Je suppose que ce que tu appelles "la liste des fichiers sur Excel" est la liste des classeurs récents. Il ne s'agit que d'alias, qui indiquent le dernier emplacement connu du classeur. Après, c'est plutôt un problème Finder, si le classeur a été déplacé, écrasé, supprimé, d'une façon ou d'une autre, Excel ne peut rien faire de particulier, sûrement pas plus que les recherches sur le Mac que tu as pu faire, que ce soit avec l'assistance Apple ou par toi-même avec un outil comme EasyFind. En gros, il faut maintenant te tourner vers tes sauvegardes. Logiquement, si tu utilises Time Machine, ça ne devrait pas être trop compliqué.
Dire que la disparition d'un fichier sur ton Mac est "un bug d'Excel" est peut-être une façon de se rassurer, mais je ne vois pas bien en quoi Excel pourrait provoquer cette disparition, à la fois sur ta machine et sur ta sauvegarde iCloud, si j'ai bien compris.
NB : si tu es bien en version Excel 16.40, cela sous-entend que tu n'as fait aucune mise à jour d'Office depuis un an (actuellement, tu devrais être en version 16.51). Ce n'est pas une conduite très prudente (et tu te prives éventuellement de quelques fonctionnalités). Par ailleurs, il n'est donc pas question d'Office 2016 (qui ne dépassera pas la version 16.16.27 de l'automne dernier), cet échange sera déplacé en conséquence vers la section appropriée. Au besoin, pense à préciser aussi la version de macOS concernée, ça peut éventuellement avoir son intérêt.