Famille de logiciels de traitement de texte Microsoft pour la création de documents web, d’e-mails et d’impressions.
Difficile de répondre à ta place.
Regrouper les vidéos et images dans le même dossier et transférer l'ensemble va sensiblement "alourdir" les échanges avec ce document, en compliquer l'utilisation (lenteurs, impossibilité de transmettre en pièce jointe d'un courriel,...)
Insérer des vidéos ou des images dans le document avec une version pour Windows va être par certains côté plus simple à l'utilisation, mais posera les même problèmes de lenteur et de transmission. S'y ajouteront peut-être des soucis de stabilité de l'ensemble.
Téléverser les documents vers un service en ligne laissera le document plus léger (d'autant qu'une thèse peut déjà être assez lourde par elle-même), plus facile à transférer mais implique que le lecteur ait un accès à l'internet.
À voir donc en fonction du nombre et de la taille de ces "annexes" et des différentes contraintes auxquelles il te faut faire face. Tu peux aussi faire quelques essais avec un extrait de ta thèse pour te faire une idée de ce que cela implique.