Buongiorno Giampaolo,
sei l'unico amministratore dell'organizzazione?
Se è questo il caso e non hai più accesso al vecchio dispositivo, mi viene in mente che se avevi in precedenza attivato il backup in cloud degli account configurati nella Microsoft Authenticator app (registrando un account Microsoft personale), è possibile che la configurazione dell'account Microsoft aziendale sia ripristinabile installando da zero, senza account configurati, l'app su un nuovo dispositivo. Il procedimento per il ripristino, con le relative precauzioni, è dettagliato in questo articolo: Eseguire il backup e il ripristino delle credenziali dell'account nell'app Authenticator - Supporto tecnico Microsoft
Se non avevi il backup attivo o comunque non potessi effettuare questa prova, ti suggerisco di verificare se riesci a disattivare l'autenticazione in due fattori accedendo all'apposita area sicurezza della pagina https://myapps.microsoft.com/ (anche se immagino non siano stati configurati metodi alternativi all'app, come sms/email, da usare se richiedesse la verifica dell'identità scegliendo "non posso utilizzare l'app in questo momento", ma potresti controllare).
Qualora non potessi accedere a tale area per disabilitare la verifica o aggiungere immediatamente un nuovo metodo, ti consiglierei a quel punto di contattare il supporto telefonico di Microsoft 365 per le aziende per ricevere assistenza:
Numeri di telefono del supporto tecnico Microsoft 365 per le aziende (Italia)
Alberto