同期の際の UPN の重複は許されませんね。
- ID 同期と重複属性の回復性 - Microsoft Entra ID | Microsoft Learn
- Azure AD Connect に関するよくある質問 | Japan Azure Identity Support Blog (jpazureid.github.io)
- IdM実験室: Office365管理者は要対応)UPNとProxyAddress重複オプションの強制変更がいよいよ開始 (eidentity.jp)
統合されないのは正常な動作だと思います。