質問されているご自身が Entra ID テナントの管理者で、Entra ID アカウント(組織アカウント)でのサインインで Authenticator での認証が行えないということでしょうか?
テナントに他の管理者がいて、その管理者がサインイン可能であれば、その管理者にあなたの多要素認証のリセットを依頼してください。
管理者が外に居ない場合は、Microsoft 365 サポートに電話で連絡して MFA のリセットを依頼してください。
※Microsoft 365 サポートに電話で問い合わせをする場合は、Microsoft 365 管理センターの組織プロファイル([設定] - [組織設定] - [組織のプロファイル] - [組織の情報])に登録している電話番号の電話で発信者通知を有効にして電話を掛けてください。それ以外の電話を利用する場合は組織プロファイルに登録されている電子メールまたは電話番号に認証コードが送信されます。認証コードの受信が可能であることを確認してから問い合わせてください。
電話した後の応答方法については以下を参照してください。