ちょっと調べてみたら、以下の資料に記述がありました。
Authentication for Microsoft Entra hybrid identity solutions - Microsoft Entra ID | Microsoft Learn
”Deploy password hash synchronization along with federated authentication as a backup authentication method when the primary authentication method is no longer available. An example is when the on-premises servers aren't available. Some large enterprise organizations require a federation solution to support multiple Internet ingress points configured with geo-DNS for low-latency authentication requests.”
(プライマリ認証方式が利用できなくなった場合のバックアップ認証方式として、パスワードハッシュの同期を連携認証と共に導入します。例として、オンプレミスサーバーが利用できない場合があります。一部の大規模な企業では、低遅延の認証要求に対応するために、geo-DNSを構成した複数のインターネット接続ポイントをサポートする連携ソリューションが必要です。)
この記述からは、パススルー認証とパスワード ハッシュ同期は併用可能(ビジネス継続性の観点からはむしろ推奨)のようですね。