ankoshi-take さん、Microsoft コミュニティにご投稿いただきありがとうございます。
Surface Pro2 を Windows 10 にアップグレードしていただき、Pro ペンをご利用中でのタッチキーボードの動作についてですね。
手元の Surface Pro2 で確認したところ、同じようにペンの場合はタッチキーボードが表示され、また直接入力のレイアウトで立ち上がってくることを確認いたしました。
設定等を確認させていただきましたが、タッチキーボードの自動ポップアップ及び、既定の入力方式の設定については設定項目が見当たりませんでした。
ペンと TypeCover を併用いただいているということで、タッチキーボードが必要ないということでしたら、通常の設定方法とは異なりますが、下記の方法でタッチキーボードのサービス自体を止めることで、勝手にポップアップしてこないようにしていただくことが可能です。
なお、この手順でサービスを停止すると、サインイン画面を含むすべての画面でタッチキーボードが使用できなくなります(簡単操作の「スクリーンキーボード」での文字入力は可能です)
また、他のアカウントにも影響を及ぼす変更になります。
手元の Surface Pro2 で確認した限りでは、Onenote でのペンでの書き込みや指でのタッチ操作等幾つか操作を試してみても特に問題は発生しませんでしたが、ご利用中のソフトによっては何らかの問題が出る可能性がありますので、その点ご承知をお願い致します。
手順 1. Windows キーを押しながら X キーを押すか、Windows マークを右クリックしてメニューを表示します。
手順 2. 「コントロールパネル」を選択します。7個のアイコンが表示された場合は「システムとセキュリティ」から「管理ツール」を選択します。「すべてのコントロールパネル項目」で表示された場合は、右上の「表示方法」を「カテゴリ」に変更していただくことでカテゴリごとの表示になります。
手順3. 「管理ツール」にある「サービス」を開きます。「サービス(ローカル)」が開きましたら、「Touch Keyboard and Handwriting Panel Service」をダブルクリックし、プロパティを表示します。
手順4. 「全般」タブにある「サービスの状態」で「停止」を選択していただき、サービスが停止しましたら「スタートアップの種類」を「無効」に変更します。
手順5. 上記設定の変更が終わりましたら、「OK」で変更を適用します。
元に戻す場合は、スタートアップの種類を「自動」にしてから「開始」を押すことで元の設定に戻ります。
それでは、ご報告をお待ちしております。