解決方法ではありませんが・・・
新ユーザーアカウントやネットで調べた結果ですが、日本語入力にATOKやGoogle日本語入力をインストールすると、切り替えは Shift+Ctrl(またはその逆)が全ユーザーアカウントに設定されるようです。
この場合の、詳細なキー設定の部分は 左Alt+Shiftのままになっていても、Shift+Ctrl が有効になるということです。
各日本語入力(その他のIMEも)のショートカットキーを設定した場合は、そのユーザーアカウント用となるようです。
そこで、設定変更したユーザーアカウントのみ有効な設定と、全ユーザーアカウント用の設定とが不安定な結果を生じさせているような気がしています。
私の場合、設定を何度も繰り返すユーザーアカウントでは、どのショートカットキーも無効になってしまいました。