いろいろやってみても同様の現象が再現できませんでした。
もう少し確認してみようと思いますが、別の回答を待っていただいた方がいいかもしれません。
もし可能であれば、念の為コマンドプロンプトで以下を確認してみていただけますか。
assoc .batコマンドを実行し、.bat=batfile と表示されるか
ftype batfileコマンドを実行し、batfile="%1" %* と表示されるか。
レジストリの以下の個所なども確認する必要があるかもしれませ(これらが勝手に変わることは無いと思いますが)。
・HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Command ProcessorにAutoRunエントリが存在していないか
・HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Command ProcessorにAutoRunエントリが存在していないか
・HKEY_CURRENT_USER\Console及びその配下のキーのCodePageは932か
・HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet\Control\Nls\CodePageの内容は正しいか
など
可能であれば、別のユーザーでWindowsにログオンした場合の動作が正しいかどうかなども分かるといいかもしれません。