こちらでも自作機と、初夏に買い換えたサブ機のノートを8.1にしましたが、同じような症状でイラついています。
自作機のほうはGIGABYTEのH67A-D3H-B3(i7-2700K、16GBRAM)UEFI非対応、Windows7(X86)とのデュアルブートですが、サブ機はレサンセのノートで、型番はW255EU(i3-3120M、4GBRAM)であり、自作機はWindows7時代、サブ機はWindows8のものです。
自作機はWindowsストアからダウンロードし、サブ機もそれでやりましたが復元イメージの作成でエラーが出るようになり、結局元のOSに復元不能になりリテール版の8.1をダウンロード購入してしょっぱなからクリーンインストールしています。
アップグレードされた場合にこのような事態が多いようですが、サブ機でも初めはそういう事は無かったのですが、しばらくして同じ症状が出ています。
タスクマネージャを見てみると、インデックスサーチがかなり高負荷のようであり、これがおそらく原因してるように感じます、自作機もサブ機も同じですけどね。多分、頻繁にファイル名とその内容が勝手に検索されているのだろうと思います(こちらでもコンパネからのインデックスのオプションでは「インデックス作成はは実行されていません」の一点張りで、詳細設定で再作成しても何も変化なしです)。
そこで、管理ツールの「サービス」において、Windows Searchを無効にしました。すると、エクスプローラーの表示でもたついたり、なかなか表示されない事態は多少改善されたようです。
とにかくこれは8.1の「致命的な欠陥」として、その修正プログラムが出るまで泣き寝入りしかない、そのように思います。