IPv6のソースルーティングの話と、名前解決の優先度の話を取り違えています。
以下のようになっていませんか?
IPv4側のDNS設定:内向きのDNS
IPv6側のDNS設定:自動取得
NTT光電話ルーター(PR-500KI)をお使いということですが、この場合、IPv6が有効でIPv6側のDNS設定が自動設定になっている場合には、そのPCが使うデフォルトのDNSはDHCPv6でPR-500KIから配布されたIPv6アドレスのDNSが最優先で使用されます。内向きのDNSにはタイムアウトや負荷分散等でアクセスするだけになっているはずです。
気休めですが、念のため、nslookupコマンドを使用する際に、DNSサーバ名をオプション指定してみることをお勧めします。
nslookup ホスト名 DNSサーバのIPアドレス
たぶん、内向きのDNSではなく、PR-500KIのDNS Proxyに問い合わせに行っているはずです。
あと、Windows 8/8.1のネットワークの仕様は次のようになっています。
1.Windowsは、30日おきまたは特定のトリガで、Microsoft によりホストされた IPv6のIPアドレスのみを持つ特定のサーバーに対する名前解決と簡単な HTTP GETによるネットワーク接続テストを実行する。
2.テストにおいて、ホスト名からIPv6のIPアドレスを取得でき、IPv6で実際に接続できるときにはIPv6を優先的に使用する。
3.テストにおいて、ホスト名からIPv6のIPアドレスを取得できなかったり、IPv6でサーバに接続できなかったりした場合には、IPv4を優先する。
よって、IPv6のIPアドレスで名前解決ができ、そのアドレスと通信できる場合には、IPv6が優先されるのが仕様になっています。
確か、MSDN のBlog記事に該当する仕様についての記事があったのですが、記事が削除されたのか、こちらで控えていたURLが無効になっていましたので、ソースは書かないでおきます。
なお、確かWindows10も同じ仕様だったはずです。
IPv6で接続できる環境なのに、DNSの応答でIPv4を優先したいのであれば、ルータのDNSキャッシュサーバ機能等でAAAA応答をフィルタするなどの対応が必要になります。ISPによっては、AAAA応答をフィルタしたDNSキャッシュサーバを提供している場合があります。
IPv6で正常に接続できない環境であるのにDNSのAAAA応答が来ることで問題になるのであれば、IPv6を無効にするしか方法がありません。