みるきい さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
半角で登録している「"」が全角になってしまうのですね。
手元の Windows 10 でも『きゃら』と入力すると 『[char no="2"] 』となるよう単語登録をして確認してみたところ、特に問題なく「"」は半角で変換候補に表示されました。(品詞は名詞や短縮読み、顔文字などを試しました)
以前は問題なかったということなので、まずは以下のようなことを試してみてはいかがでしょうか。
※実施前には念のため辞書のバックアップを取っておくと良いと思います。
・一旦登録単語を削除して品詞を変えて登録してどうか
(例) 名詞で登録している場合は短縮読みや顔文字 など
・辞書の修復
◆**Windows 8 / 8.1のMicrosoft IME 2012で辞書を修復する方法**
※Windows 10 の場合も同じ手順です。
・学習情報の消去
他の単語の学習情報が入力に影響する場合もあるので、学習情報を削除して変化があるか試してみてください。(これまで学習した変換情報が削除されますので、差支えないようであれば実施してみてください)
◆Windows 8 / 8.1のMicrosoft IME 2012で自動的に学習した単語をユーザー辞書から削除する方法 - 2. 一括して削除する方法
試しても変化がなければ、以下の点も書いてみてください。
・該当の単語で登録している品詞
・全角となってしまうのは特定のアプリで入力時だけかどうか
(例) メモ帳では問題ないが Internet Explorer 11 で入力するときだけ起きる、など。
試した結果の返信、お待ちしています。