「ハードウェア キーボード レイアウト」が表示ないていない場合、「標準ユーザー」のアカウントでサインインしていないでしょうか。
Windows 10 に「管理者」アカウントでサインインし直して、確認してみてください。
標準ユーザーでは「日本語」の「言語オプション」の「ハードウェアキーボードレイアウト」が表示されない件、確認致しました。仰るとおり「管理者」アカウントのみ「ハードウェアキーボードレイアウト」の変更が許されるようです。
システムのキーボード設定が全ユーザーの動作に及ぶ変更となるのですね。再起動後に有効になるなど滅多に切り替えない思想ではこの設計で良いのですが、複数ユーザがリモートログインしてそれぞれ違うキーボードを使用したい場合は不都合な仕様のように思えます。
フィードバック Hubで追加の提案をしてみたいと思います。