更に色々調べてみた結果、ひとまず解決したので報告します。
結論から言いますと、隙間ができる現象は仕様でした。というよりそもそも隙間なんてなかったんです。
個人用設定から選択できるテーマは全て「ウィンドウ枠を1ピクセルだけ表示し、残りは透明にする」ようです。
そのため、本来はウィンドウ枠で見えないはずの背景画面が見えてしまっていた、というのが真相だったみたいです。
そこでAero Liteというテーマを追加してウィンドウ枠を全部表示されるようにしたところ、背景画面が見えるということが無くなりました。
レジストリにてPaddedBorderWidthの値を変更するとウィンドウ枠の太さを変更できるのですが、最小値の0に設定しても隙間は4ピクセルが最小で枠の太さは変わらず、
逆に太くしてみると不自然な隙間が広がり、枠の太さが変わらなかったため色々調べてみたところでようやく判明しました。
どうもお騒がせしました。