私も全く同じ症状で悩んでいます。
他の方と同じように、10月の頭からこの症状が出始めました。
考えられることすべて試しましたが、結論から言うと、OfficeとWindows10 Updateのバグ(もしくはそのいずれか)としか考えられません。
WordとOutlookで同じ症状が例外なく出ます。
二つのウインドウをウインドウ内をクリックして切り替えると日本語のインライン入力ができなくなります。
OfficeやATOKの完全削除→再インストール等を含む様々な手立てを試しましたが、全く効果なし。
下記のいずれかの一時的回避策で現状しのいでいますが、実用に耐えうるレベルではありません。
●二つの文書を切り替えるときに、ウインドウ内をクリックするのではなくタスクバーから切り替える
●インライン入力ができなくなったらリボンにあるフォントドロップダウンボックスをクリックする
●一旦デスクトップに切り替えて、その後ワード(もしくはOutlook)の文書に戻る
以上のいずれかをすると、別のウインドウ内をクリックしない限りインライン入力できます。
でも、いくつかの文書を見比べたりコピペするのは頻繁に必要な作業なので、これでは本当に実用に耐えません。勘弁して欲しいです。
(追記)2016.10.14
解決策がありました。私の環境ではATOKのテキストサービスとATOKパレットの表示が問題でした。いずれもWindows10のCortana関係とコンフリクトを起こすようです。
基本的には
(1)テキストサービスをオフにする
(2)ATOKパレットを表示させない
で現象が出なくなりました。他のIMEでもこのテキストサービスが関係していると想像します。
詳しい手順は以下を参照下さい。
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=055077