ホワイトZBさん、こんにちは。
レジストリの EXCEL12.XLSX の格納場所は以下で確認出来ます。
Computer\HKEY_CLASSES_ROOT.xlsx\Excel.Sheet.12\ShellNew

手元の環境では以下になっていました。
C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\Root\VFS\Windows\ShellNew\excel12.xlsx
こちらの記事によると、ファイルの格納場所は Excelと OSのバージョンとアーキテクチャによって異なるとあります。
- Office 365 32 bit、 Windows 64 bit の場合 C:\Program Files (x86)\Microsoft Office\root\vfs\Windows\SHELLNEW
- Office 365 64 bit 、Windows 64 bit の場合 C:\Program Files\Microsoft Office\root\vfs\Windows\SHELLNEW
- Office MSI の場合 C:\Windows\SHELLNEW
Office の個人用の設定ファイルは ユーザー(C:\Users)に格納されていて勝手に上書きされない様になっていますが、excel12.xlsx のある場所はユーザーの設定ファイルでは無く、C:\Program Files または C:\Windows の下に存在するプログラムファイルの一部の為、Windows または Office の 更新時に書き変わってしまう事を止める事は出来ないのではないかと思います。
個人的に作成した excel12.xlsx 用のファイルはドキュメントの下などの分かる場所にコピーして退避しておき、更新で書き変わってしまったら退避場所からすぐに格納場所に上書きして元に戻すとして運用する様にしてはいかがでしょう。