手元で同じように SharePoint サイトのページに Power Apps アプリを Web パーツで挿入してみましたが、「上下もしくは上部のみに横線が表示されます」という現象は起きません。
色々調べるとSharePoint側のWebパーツコンテナに付与されているCSSのようですが
この「調べると」の調べた内容と、「CSSのようです」と判断された根拠はなんでしょう。
また実際の現象のスクリーンショットを示されるとよいでしょう。
追加で、挿入しているアプリがどのようなものかも示してください(通常のキャンバス アプリ?)。