Uma família de softwares de planilhas da Microsoft com ferramentas para analisar, criar gráficos e comunicar dados.
Olá Cleber,
Pelas opções de gráfico do Excel, não será possível.
Você terá de alterar na base os valores 0 (Zero) por nulo ou n/a.
Eu pesquisei essa sua dúvida e realmente terá de alterar manual ou através de funções.
Ex.: =SE(A2;"<=0";"") , para alterar os valores "zero" por "vazio"
Obs.: Eu fiz a simulação em gráficos de colunas e de linhas e o resultado não foi muito bom visivelmente e para ler as informações do gráfico (Minha opnião)
Espero ter ajudado e qualquer dúvida poste novamente aqui.
Até mais...