Olá
Você está fazendo isso pelo https://www.onedrive.com web ou na pasta OneDrive do Explorador de Arquivos?
Existem limitações ao fazer isso pelo site do OneDrive.
A Microsoft afirma especificamente que a versão web só pode copiar até 2.500 arquivos de uma vez. A Microsoft não publica exatamente o mesmo limite para o Move to, mas mover milhares de arquivos individuais pelo navegador pode levar muito tempo, falhar ou processar apenas parte da seleção. A Microsoft recomenda o uso do aplicativo OneDrive ao transferir grandes quantidades de arquivos. Me avise qual método você está usando para eu ser mais específico.