Olá
Bem-vindo á Comunidade Microsoft 365 Business.
Boa tarde. Obrigado por entrar em contato conosco e detalhar seu cenário. Neste caso é utilizar o Winget nas remediações do Intune com o contexto System para garantir a execução em segundo plano e com os privilégios adminsitrativos.: > winget upgrade --all --silent --accept-package-agreements --accept-source-agreements
Para evitar falhar implemente verificações de processos em uso, registre logs e permite nova tentativa em execuções futuras pois o Winget não fecha aplicativos nem atualiza programaas com arquivos bloqueados , dependendo do comportamento do instalador.
Documentação de referência técnica.: