Здравствуйте.
Такое положение вызвано целым рядом факторов.
Прежде всего, большинство программ, предназначенных для 64-х битных систем имеют и 64-х и 32-х битные версии, для обеспечения совместимости. При этом они имеют как совместоиспользуемые компоненты, так и файлы и библиотеки используемые только одной из разрядностей.
Именно это и привело к созданию различных папок для приложений разной разрядности.
А для того, чтобы устанавливать два вида программ в одну и ту же папку, придётся полностью переписывать с нудя программу для каждой из разрядностей, меняя логику её работы, что, как Вы сами понимает, ни к чему хорошему, кроме массы проблем, привести не сможет.