Стандартная простая защита:
- Панель управления-Автозапуск. Там выставить всё на "Не выполнять никаких действий"
- На флэшке в корне создать пустую папку с именем autorun.inf и присвоить атрибуты скрытой, системной и только для чтения.
После выполнения - если сам, своими руками не запустит вируса, то вирус (если будет на флэшке) "самостоятельно" ничего сделать не сможет.