Привет! BootExecute управляет тем, что выполняется перед фактическим запуском Windows, в первую очередь проверками файловой системы, и его удаление отключает CHKDSK и любые действия по ожиданию переименования.
BootShell сообщает Windows, какую оболочку запускать после этих проверок, но до обычного графического интерфейса Winlogon, и его удаление может помешать системе когда-либо загрузить экран входа в систему