Hej!
Det jag hittar med Google om problemet så verkar det normalt beror på att det är något program i aktivitetsfältet (inkl. fältet vid klockan) som vill meddela dig något och inte släpper kontrollen om aktivitetsfältet förrän du har öppnat programmet.
http://www.howtogeek.com/howto/31779/fixing-when-the-windows-taskbar-refuses-to-auto-hide-correctly/
http://superuser.com/questions/341402/taskbar-doesnt-auto-hide-anymore-whats-the-fix sista inlägget
http://windowssecrets.com/forums/showthread.php/123558-Task-Bar-occasionally-won%27t-Autohide