Die einzige Möglichkeit, den Desktop zu synchronisieren, läuft über die Sicherung von OneDrive. Wenn du in OneDrive die Sicherung des Desktops aktivierst, wird der Desktop-Ordner ins OneDrive umgebogen. Machst du das bei einem zweiten PC ebenfalls, werden die Daten übers OneDrive miteinander abgeglichen.
Irgendwelche "Instanzen" zu sichern, aber nicht zu synchronisieren, ist nicht möglich.
Du änderst das Verhalten in den Einstellungen vom OneDrive Client unter "Sicherung". Deaktiviere die Sicherung für den Desktop-Ordner, dann wird der Desktop dieses PCs nicht weiter übers OneDrive synchronisiert.