Wenn es im Autostart deaktiviert wurde, solltest du auch das Verzeichnis löschen können. Wenn es nicht geht, wird das Programm tatsächlich noch gestartet. Probier es doch einfach mal!
Starte einfach regedit und schau unter
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
ob in der Liste rechts das genannte Programm noch eingetragen ist. Falls ja, lösche den Eintrag.