En MS Authenticator en Configuración en el apartado llamado Cuenta profesional o educativa hay una opción llamada "Registro de dispositivos" aquí lo que haremos será eliminar la administración del dispositivo por parte de la organización. Esto aún no elimina la cuenta del MS Authenticator simplemente le quita privilegios de administración a la organización.
Esto es un problema de la aplicación móvil (No existe un apartado Cuentas->Eliminar cuenta X), debes tomar otro camino para eliminar la cuenta que no tienes ya acceso, seguramente solo te salga para iniciar sesión con esa cuenta en MS Authenticator, no es en esta app donde debemos eliminar la cuenta. En tu teléfono móvil (el mio es Android asi que te lo diré como si fuera Android), en la configuración del movil tienes que ir a cuentas (en Android aparece una app con el simbolo de un engranaje para ir a la configuración del teléfono), para ver que cuentas están registradas en tu teléfono y ahí al entrar en una cuenta darle a eliminar cuenta.
Luego vuelve a MS Authenticator y comprueba que la cuenta ya no aparece en la lista.
Un saludo y espero que te sirva.