Patología digital mediante el servicio DICOM

Artículo
10/27/2023

La patología es una rama de la ciencia médica principalmente relativa a la causa, el origen y la naturaleza de la enfermedad. Implica el examen de tejidos, órganos, fluidos corporales y autopsias para estudiar y diagnosticar la enfermedad.

Históricamente, las biopsias de tejidos se almacenan en diapositivas de vidrio e investigan bajo el microscopio. Esto crea desafíos cuando los médicos y patólogos necesitan compartir información para consultas y diagnósticos, así como para la investigación.

La creación de imágenes digitales se está volviendo cada vez más popular en el campo de la patología como una manera de admitir el uso compartido de imágenes fuera del laboratorio, el entrenamiento de modelos de IA/ML y para el almacenamiento a largo plazo. Esta transformación se alimenta de la disponibilidad comercial de instrumentos para digitalizar diapositivas de microscopio.

Hoy en día, los escáneres de patología digital generalmente generan imágenes en formatos propietarios. Esto complica el uso compartido y el entrenamiento de modelos de IA/ML, lo que reduce muchas de las ventajas de la digitalización. Para facilitar esta transformación, muchas organizaciones empiezan a convertir Quién le Diapositivas digitales (WSI) a formato estándar DICOM. Una vez que estas imágenes están en formato DICOM®, estas imágenes se pueden almacenar en sistemas PACS disponibles comercialmente, donde se pueden administrar mediante herramientas y procesos que han sido perfeccionados durante décadas por los radiologistas.

Servicio DICOM para la patología digital

El servicio DICOM admite requisitos únicos de patología digital como:

Escalado y rendimiento necesarios para cargar instancias DICOM patológicas con varios GB de tamaño.
Acceso rápido a fotogramas para permitir al visor web desplazar y acercar imágenes de patología DICOM sin problemas sin retrasos ni desenfoques.
Una manera rentable de almacenar imágenes a largo plazo después del diagnóstico para el uso de archivo e investigación.

Digitalización

Aunque el estándar DICOM ahora admite imágenes de diapositiva completa (WSI), muchos escáneres de adquisición no capturan imágenes en formato DICOM. El servicio DICOM solo admite imágenes en formato DICOM, por lo que se requiere una conversión de formato para WSI en otros formatos. Existen varias soluciones comerciales y de código abierto para realizar estas conversiones de formato.

Estos son algunos ejemplos código abierto herramientas para crear su propio convertidor:

WSIDicomizer

Storage

Cada WSI convertido da como resultado una serie DICOM con varias instancias.

Carga por lotes

Teniendo en cuenta el tamaño y el número más grandes de instancias que se deben cargar, se recomienda cargar por lotes de cada serie o un lote de WSIs convertidos mediante Importación.

Carga de streaming

Si desea cargar cada archivo a medida que se convierten, puede usar la solicitud de un solo elemento STOW como se indica a continuación.

Requisitos previos

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Hemos probado la compatibilidad con decenas de GB de carga en pocos segundos.

Recuperación

Los visores recuperan iconos almacenados como fotogramas en una instancia de DICOM. Cada instancia de DICOM puede contener varios fotogramas. Se recomienda usar el marco GET de una sola parte en paralelo para mejorar el rendimiento.

Requisitos previos

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Hemos probado la descarga de mosaicos de 60 Kb en alrededor de 60-70 ms del cliente.

Lectores

Se recomienda usar cualquier Visor WSI que se pueda configurar con un servicio DICOMWeb y la autenticación OIDC.

Visor de código abierto de ejemplo

Siga las directrices de CORS si el Visor interactúa directamente con el servicio DICOM.

Búsqueda de un asociado de ISV

Póngase en dicom-support@microsoft.com contacto con si desea trabajar con nuestros ISV asociados que proporcionan soluciones y soporte técnico de un extremo a otro.

Pasos siguientes

Implementación del servicio DICOM en Azure

Uso de las API de DICOMweb con el servicio DICOM

Nota:

DICOM® es la marca registrada de la Asociación Nacional de Fabricantes Eléctricos para sus publicaciones de normas relacionadas con las comunicaciones digitales de información médica.

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