Hola!
Intenta lo siguiente, después de que inicies explorer.exe manualmente abre el editor del registro, tienes que ir al menú Inicio , Todos los Programas , Accesorios , Ejecutar . Escribe el comando REGEDIT y presiona Aceptar/Enter .
Dentro de REGEDIT navega hasta la carpeta:
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows NT \ CurrentVersion \ Winlogon
Haz clic sobre Windlogon, del lado derecho debería aparecer un ítem con el nombre Shell , verifica si tiene como Datos a explorer.exe. Si el dato es diferente a explorer.exe haz clic derecho sobre Shelly elige la opción exportar , debes elegir un nombre y guardarlo en alguna carpeta que puedas volver a encontrar (Es una copia de seguridad ya que modificaremos el registro), luego vuelve a hacer clic derecho sobre Shell y elige la opción modificar . Escribe explorer.exe en información del valor luego haz clic en Aceptar . Reinicia el equipo y coméntanos como te fue.
Saludos.