A mí me pasaba lo mismo que a ti y he encontrado el problema. Desconozco el lenguaje técnico, así que me expresaré como buenamente pueda: resulta que el volumen de Ubuntu que intentaba borrar estaba incluido en una "partición" (supra-partición?) que además incluía un segundo volumen ("sub-partición"?) con los datos de arranque, también con codificación Ext3. Lo que hice fue, borrar los dos volúmenes utilizando el Administrador de Discos de Windows (Sistema > clic derecho > Administrar > Administrador de discos > clic derecho en el volumen en cuestión > Eliminar volumen) y luego, utilizando el software "Paragon Partition Manager", borré la partición (el administrador de discos no me dejaba, no sé por qué). Una vez borrada con Paragon, con el administrador de discos hice clic derecho en mi partición habitual de Windows y puse "extender partición" para que cogiese el espacio que la partición de Ubuntu había dejado libre.
Y funcionó.
Espero que te ayude.
Un saludo
J.