Windows Media Player nunca ha tenido la opcion de reproducir este tipo de archivos.
En lugar de recomendarte algun paquete de codecs que dejaran la instalacion hecha un desastre preferiria sugerirte para los .flv el reproductor Videolan. Este usa sus codecs internos y no daña Windows y si prefieres la version en .zip no necesitaras siquiera instalarlo y lo puedes llevar y usar desde un pendrive:
VLC
http://www.videolan.org/vlc/download-windows.html
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Ivan