Hola Sergio,
Claro que no. Si pones tu equipo en modo seguro no se te borrará nada si no es lo que deseas. De hecho si quieres te comparto el archivo de modo seguro, para que sepas como entrar en tu Windows 8 de ese modo.
http://windows.microsoft.com/es-es/windows-8/windows-startup-settings-safe-mode
Con esta información tendrás claro qué procedimiento hacer. Si quieres gestionar cambios lo puedes hacer allí sin problema y espero que lo sepas manejar como se indica en el texto.
Adicional si necesitases algo más, no es más que nos contactes por este medio y estaremos atentos, así que espero te sirva.
Saludos.