He encontrado la solución al problema.
Después de intentar múltiples veces con uno de los discos conseguí entrar a la consola de comandos de MS-DOS.
De ahí, como había formateado la partición de Reservado para el sistema, proseguí a listar las unidades o puntos de montaje para cada unidad:
diskpart
list disks // Aquí se selecciona el disco en cuestión
select disk [el número de disco al que se le desean hacer cambios]
list partition // Aquí listamos las particiones, y como queremos recuperar la del Sistema reservado, seleccionaremos la que tenga 100mb de espacio.
select partition [la que tenga los 100mb].
assign letter=R //Se asigna una letra a la partición como punto de montaje para poder hacer los cambios.
exit
cd e: // Para moverse a la letra de la unidad de CD, o el disco de instalación de Windows. Ha de probarse cada letra en caso de que esta no sea.
copy bootmgr R:\ // Para copiar el bootmgr del disco a la unidad de espacio reservado.
R:
attrib bootmgr +s +h +r
bootrec /rebuildbcd
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
exit
Después de ello quizás de error sobre el archivo winload.exe, pero este problema ya es más fácil de solucionar. Esto hará que grub sea borrado por Windows. Para restaurarlo es necesario tener un Live CD de la distro del gusto (Ubuntu en mi caso), abrir una terminal y ejecutar esto:
$ sudo gparted // Sólo necesario para ver la raíz donde está instalado el sistema Linux. Puede ser /dev/sda4, /dev/sda5, etc... en mi caso fue /dev/sda5.
$ sudo mount /dev/sda5 /mnt
$ sudo grub-install --boot-directory=/mnt/boot/ --recheck /dev/sda
$ sudo reboot Y arrancará de nuevo todo, pero esta vez no volveremos a ver la entrada de Windows 7 en GRUB. Hay que arrancar en nuestro sistema operativo Linux (el que tenemos en disco duro) y ejecutar en una terminal:
$ sudo update-grub
$ sudo reboot
El reinicio es opcional, para verificar que la entrada de Windows 7 aparezca de nuevo.
Espero alguien marque este post como "de ayuda" aquí o como un tutorial, porque he visto que multitud de personas padecen de este problema y difícilmente en foros en inglés se haya una solución.
Aquí están mis fuentes.
http://www.adslzone.net/postt309938.html
http://www.guia-ubuntu.com/index.php/Recuperar\_GRUB#M.C3.A9dodo\_2