Hola Sergio, te paso dos enlaces, en inglés, que tratan del problema.
El primero es el oficial:
Después de varias obviedades viene lo interesante, hay un enlace, al final del apartado 6, para bajar una herramienta que puede arreglar el problema.
El apartado 7 va por la solución manual.
En la versión NO oficial de un foro contestan la pregunta: descargando SkyDrive de entrada para después volverlo a cargar.
http://superuser.com/questions/741414/how-to-reset-skydrive-onedrive-sync
Decir que has de utilizar el CMD como administrador y que las ordenes se dan desde el directorio C:\Windows\system32> , directorio que habría de ser el que se abra por defecto.
Saludos,
Xavier