Hola, Alejandro.
La Comunidad Microsoft te da la bienvenida. 
Es un gusto poder ayudarte con las dudas que se presentan.
Responderé tus inquietudes, con el fin de que tengas claridad para realizar tu ordenador.
¿Al instalar Windows 10 mediante la Herramienta de creación de medios de Windows 10, perdería la partición oculta en el disco duro "Acer eRecovery"?
La partición de recover de los ordenadores, está asignada para restaurar el sistema operativo por lo que al realizar una instalación en limpio de Windows 10, esta partición no se vería afectada. Ten en cuenta que al instalar un sistema operativo, puedes seleccionar la unidad y debes contar con los requisitos para esto.}
Entre las opciones para instalar el sistema operativo, puedes seleccionar si borrar toda la información o mantenerla en una carpeta llamada Windows.old.
¿Existe alguna forma de saber qué aplicaciones no son compatibles con Windows 10 y serían eliminadas durante la instalación del sistema operativo?
Las aplicaciones que se encuentran instaladas en el sistema operativo por medio de la Tienda de Windows, indican que versiones de los sistemas operativos, son compatibles con ellas. Las aplicaciones externas que son desarrolladas por terceros, puede que no sean compatibles, por lo que se te recomienda contactar con el desarrollador de dicha aplicación o verificar por medio de foros acerca de la compatibilidad.
¿Es posible saber si los controladores del equipo son compatibles con Windows 10?
Los controladores de los dispositivos, varían según le desarrollador del ordenador. Esta información la podrías solicitar con más certeza con el fabricante y verificar las páginas de descarga de controladores. Sin embargo, Windows 10 es compatible con la mayoría de componentes.
Espero que esta información resuelva las dudas que tienes sobre la actualización a Windows 10.
Adicional a esto, te comiendo que verifiques el siguiente artículo con información sobre Cortana,
De igual forma, estaré muy atento a tu respuesta y de ser necesario continuar asistiéndote en tu incidente.
Te deseo que tengas un grandioso día, saludos. 
Espero que esta información te sea de utilidad, si es así, permítenos saberlo marcando como respuesta. Esta información puede ser de ayuda para otros usuarios.