No tenemos de que preocuparnos ya que Microsoft a introducido una configuración en la actualización Windows 10 que te permite iniciar limpiamente tu ordenador sin abrir las ventanas de los programas que estaban abiertas antes de apagarse. Para ello tendremos que acceder a la Configuración de W10 lo que podemos hacer desde el menú de inicio.

Una vez aquí tendrás que hacer clic en la opción Cuentas lo cual hará que se muestre una nueva ventana en la que tendrás que hacer clic en Opciones de inicio de sesión situada en la parte izquierda de la ventana. Esto hará que en la parte derecha se muestren opciones de configuración entre la cuales deberás centrarte en la sección Privacidad.
En ella se muestra la opción: Usar mi información de inicio de sesión para terminar de configurar mi dispositivo automáticamente después de reiniciarlo o actualizarlo. Esta opción deberás estar desactivada para que a partir de este momento cuando apagues o reinicies tu ordenador, W10 no muestre las ventanas de los programas abiertos antes de ser apagado o reiniciado.

Espero y les sea de ayuda. Saludos.