¡Sé bienvenido a nuestra Comunidad, Juan! 
Con gusto te asistiré.
Windows te permite cambiar la ubicación de las carpetas del usuario conservando sus funcionalidades. Sin embargo, si la nueva ubicación tiene otros archivos o elementos, estos serán asociados a la carpeta de usuario específica. Es por ello, que te sugiero cambiar nuevamente la configuración a una carpeta vacia ubicada en tu disco local D (que según me indicas, es donde deseas que quede); así los archivos no se mesclarán con otros, causando lo que me comentas actualmente.
Para cambiar de ubicación una carpeta del usuario, por ejemplo Documentos, debes hacer clic derecho sobre la misma, allí elige Ubicación y luego selecciona el nuevo sitio (carpeta vacia que creaste). El proceso te permite hacer clic en Moverpara enviar todos los archivos de la ubicación antigua a la nueva.
Dime si mi respuesta te ha ayudado.
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¡Ten un lindo día! 
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