Encontré en el foro de linux la respuesta a tu pregunta http://linuxbsdos.com/2015/09/05/how-to-delete-grub-files-from-a-boot-efi-partition-in-windows-10/ sigue el enlace y los pasos solo que en vez de seleccionar linux selecciona el boot que quieras eliminar.
Resumido, LOS COMANDOS ESCRIBELOS SIN COMILLAS
- ve a cmd con privilegios de administrador
- abre diskpart y escribe "list disk" y selecciona el disco donde instalaste el sistema operativo escribiendo "sel disk x" donde x es el numero del disco que viste
- escribe "list vol" y busca la particion de boot, generalmente es formato FAT32 y en la info aparece como system
- selecciona el volumen donde este el boot escribiendo "sel vol x" donde x es el numero de volumen que viste
5)luego asignale una letra a ese volumen escribiendo "assign letter=X" donde x es la letra que le quieras asignar, luego escribes "exit" para salir de diskpart
- ahora en cmd nuevamente escribes "cd /d X:" o simplemente "cd X:" donde x es la letra que hayas escogido en el paso anterior
- escribe "ls", te mostrará una lista de las carpetas y archivos en ese volumen, deberian ser pocos
- escribe "ls EFI", dentro de esta carpeta está el grub, luego escribe "cd EFI"
- escribe "rmdir/s PhoenixOS" o simplemente "rmdir PhoenixOS" si estas en powershell. Luego escribe "y" cuando te salga una pregunta de confirmacion. Con eso deberias haber eliminado el boot de phoenix os