Tenés razón, cuando uno hace clic derecho sobre las carpetas del menú de Inicio no hacen nada, pero cuando se hace clic sobre el icono del programa dentro de una de esas carpetas, da la opción para abrir la ubicación del archivo.
Pero bueno, en este caso, lo más fácil es darte la ruta de donde se encuentran los ítems del menú de Inicio: C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs
Si copias y pegas esa ruta en el explorador de archivos, te encontrarás con todas las carpetas que se crean, podrás eliminarlas y así organizar mejor el menú de Inicio.
Un saludo.