Hola Luis,
Mi nombre es Napier, soy un asesor independiente y tratare de ayudarte el día de hoy.
Los archivos en la carpeta de OneDrive sincronizados, y ya alojados en la nube, podrá acceder a ellos cuando lo desee, sin tener en cuenta la reinstalación Windows, es decir, no tiene porque afectar sus archivos una reinstalación, así que no creo que haya la necesidad de borrar la data, incluso desde otros dispositivos con acceso a internet, puede acceder a esta información.
Este artículo complementa la información que he expuesto anteriormente, es un enlace oficial de Microsoft muy completo sobre este mismo tema
https://support.microsoft.com/es-es/help/17184/...
Sincronizar archivos con OneDrive en Windows
https://support.office.com/es-es/article/sincro...
Sin embargo agrego la información que ha solicitado en el asunto de su pregunta >> Eliminar archivos o carpetas en OneDrive
https://support.office.com/es-es/article/elimin...
Que tengas un buen día
Atentamente,
Napier.