Hola mi nombre es Andrés F. soy un asesor independiente, gracias por contactar con nuestra comunidad de Microsoft, esperemos lograr solventar tu problema trabajando juntos.
Para poder hacer lo que pides debes ejecutar cmd como administrador. Para esto dirígete a la carpeta windows\system32 y ahí busca el ejecutable cmd.exe. Después le das click derecho y "Ejectuar como administrador". Ya en la consola de MD-DOS puedes ejectuar el chkdsk y otros comandos sin problemas.
Espero te sea de utilidad esta información, quedo al pendiente de tu consulta. Feliz tarde!